相比单一国申请，马德里注册具有“时间短”、“省事”、“实惠”等优点，但事实上恰恰相反，在某些时候马德里注册所花时间更长、“事更多”、花费更高。 
马德里注册，即‘国际注册马德里体系’(马德里体系)，涵括98个成员国。单一国注册是指向某个单一国家的商标局直接提出注册申请。比如要注册一个美国商标，可以选择通过马德里联盟来注册，也可以直接向美国知识产权局提出申请。业界普遍认为，相比单一国申请，马德里注册具有“时间短”、“省事”、“实惠”等优点，但事实上恰恰相反，在某些时候马德里注册所花时间更长、“事更多”、花费更高。
马德里注册在大部分国家的注册时间都较长。马德里商标的机制是通过原属国（非必须），国际局将商标注册的指令转达到各缔约方，这一系列的程序相当浪费时间，一般在12-24个月，如果在国际阶段遇到形式审查时间会更长！ 拿注册最多的美国商标来讲，如果通过商标局递交马德里商标申请，首先要在国内需要拿到受理通知书后才能转交至马德里商标国际局，国际局需要6个月左右时间下发《国际注册证》，之后将申请延伸到美国，然后再按照马德里协定及议定的规定在12个月或18个月内审查完成，周期长达两年。而对部分单一成员国来讲，逐一办理的时间则相对较快，如英国、法国、德国、欧盟等正常情况下办理只需要大概6个月左右的时间。
通过马德里注册 “事更多”。由于马德里注册要求以国内申请/注册为基础，五年后才能与原属国的注册脱钩，因此一旦原属国的注册在五年内被撤销，马德里国际注册的商标也将随之撤销，这被称为”中心打击原则“。而指定到美国、欧盟、日本等国时，往往会因为商标审查制度的不同而频频下发审查意见，在下发审查意见后，申请人并不能通过马德里体系直接解决，并且再重新委托当地国的律师进行答复才可以使商标进一步完成审查。如，想通过马德里来注册“ABC”这个商标，然后指定注册美国和欧盟，如果在中国申请的“ABC”商标注册失败了，那么在美国和欧盟也会同时失败。即便注册成功，如果五年内国内的商标被撤销了，那么美国和欧盟的商标也会随之失效。
申请国家少的时候并不“实惠”。当只办理一个或很少国家的商标申请的时候，尤其是仅选择美国或欧盟一个国家或地区的时候，费用与逐一办理基本持平，甚至更便宜。比如，通过马德里注册美国商标花费在953法郎左右，而通过单一国注册美国商标只需要800美金，单一注册反倒更便宜。
马德里商标并非没有优点，同时缺点也比较突出。所以具体办理时，需要根据申请人自身的实际情况和市场发展需要等因素来考虑选择最佳注册方案。那么到底如何选择呢？
如果企业并不急于进行商标保护，仅打算注册商标作为一种战略储备，在提交国内商标后立即启动马德里商标程序，尤其在审查特别慢的成员国，因为受到马德里条约的审查时限的限制，在一定程度上能够节省很多时间。而在如利比里亚、阿曼等相关体系和秩序不太完善的成员国，通过马德里注册商标，省去了逐一注册办理中的“认证”材料的环节，既省事又省钱。而有一定品牌和经营基础的外向型公司，特别是海外市场比较广大的，如华为、小米、海尔、格力等，这样的公司在国内已经有成熟的产品和品牌，拥有稳定的商标基础，其产品出口国家众多，可能需要同时注册几十个国家的商标。这类企业在注册马德里商标时，对便捷性要求并不高，经济性和操作的便利性成为了更重要的指标，相对更适合马德里商标的申请。
